Kaito és Aoko egy vonaton utaznak Aoko apjával, Nakamori felügyelővel, aki meg akarja akadályozni, hogy Kaitou Kid ellopja Ingram királynőjének legértékesebb ékszerét, a Crystal Mother drágakövet. Aoko és Nakamori felügyelő nem tudják, hogy Kaito valójában Kaitou Kid, és feltett szándéka megszerezni a drágakövet. Kaito szerencsétlenségére Conan és egy Phillip nevű kisfiú szintén a vonaton tartózkodnak, és mindent megtesznek, hogy megállítsák.